①由于沉淀池固液分离的效率不高，曝气池内的污泥浓度难以维持较高水平，致使处理装置的容积负荷低，传氧效率低，能耗高。
②处理出水水质不够理想且不够稳定，难以达标排放。
③剩余污泥产量大，污泥处理成本高。
④管理操作复杂，维护成本高。
与之相比，污水处理系统工艺则有许多优势:
(1)构筑物少，基建投姿小。 一体化废水处理工艺构筑物少，工艺简单，具有投资小、建造周期短，运行管理灵活等优点，可以满足生活小区以及中小企业等各类废水处理要求。
(2)结构紧凑，占地面积小。 大中型的污水处理厂占地面积大，而我国的土地资源乡对匾乏，各类用地需求矛盾日益尖锐。采用污水处理系统工艺则可以有效减少占地面积，许多设备还可以采用地埋式设计，既节约了空间，同时也不会对酒店、高档住宅小区和风景区的景观造成破坏，可以满足各种要求，具有广泛的适应性。
(3)减少管网的建设，有效回用废水。 随着生活和工业用水的逐渐增多，废水直接排放造成的环境污染日益严重。 如果将大部分处理后的废水进行重新利用，就可以有效节约水资源。由于一体化设备灵活多变的形式，使得污水处理后可以就近回用，不仅减少了管网的建设投资，而且可以有效减少污水排放。
污水处理系统设备工艺有多种，在出水达标的前提下，较突出的优点有：
1.设备埋于地表下，上面可以进行绿化，环境美观。
2.污水处理系统整个设备一般不需要专人管理。
3.可以减少占地面积，设备上方可修建停车场等，无需建厂房等设施。
4.对周围环境无影响、污泥产生量少、噪音小于二类地区的标准。
5.操作简便、工艺新、效果好、使用寿命长。
6.污水处理系统设备可按标准布置，也可随地形需要特殊布置。
污水处理系统设备适宜住宅小区、医院疗养院、办公楼、商场、宾馆、饭店、机关、学校、 水产加工厂、牲蓄加工厂、乳品加工厂等生活污水和与之类似的工业有机废水，如纺织、啤酒、造纸、制革、食品、化工等行业的有机污水处理，主要目的是将生活污水和与之相类似的工业有机废水处理后达到回用水质要求，使废水处理后资源化利用。
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